על אף צו ייבוא חופשי חייבת המדינה להגן על אזרחיה. טובין העלולים להזיק אסורים בייבוא כגון, סמים מסוכנים, טובין שאינם חוקיים כגון טובין גנובים, נפצים וצעצועים מסוכנים, פרסומים או דברים אחרים שהם מגונים או פרוצים, כרטיסי הגרלה ודברי פרסומת להפצתם, משחקי מזל, ספרים, ספרונים, עיתונים או כתבי עת, היוצאים לאור בארצות ערב הבאות: אירן, אלג’ריה בחריין, כויית, לבנון, לוב, מועצת אמירויות המפרץ, סודאן, סוריה, סעודיה, עיראק, פקיסטאן, קטאר ותימן ועוד.
כמו כן קיימים טובין שלשחרורם מהמכס נחוץ אישור מהרשות המוסמכת, כגון, תרופות ללא אישור, פירות טריים, חומר לזריעה ולשתילה, מכשירי טלפון ועוד.
סעיפים 40-42 לפקודת המכס קובעים כדלקמן :
” 40. סמכות לאסור יבוא
(א) הממשלה רשאית, בצו, לאסור, להגביל או להסדיר ייבואם של טובין או של סוג טובין – פרט לפרסומים , שניתן לאסור את ייבואם לפי סעיף קטן (ב) – לישראל או לשטח או למקום שבישראל בין ביבשה בין בים ובין באויר, ורשאית היא בצו זה לפרט את הטובין או את סוג הטובין שעליהם יחול הצו בין דרך כלל ובין במיוחד, בין בציון ארץ מוצאם או נתיב ייבואם ובין באופן אחר.
